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液氮程序降溫儀采用液氮作為冷源，加熱盤管作為熱源，通過反饋溫度控制系統，控制液氮給進電磁閥和加熱功率綜合調節腔體的溫度情況，使溫度按照設定程序進行低溫冷凍保存。

1. 降溫過程中為了避免污染被降溫的生物樣品，感熱元件（主要是熱電偶）要么安裝在生物樣品容器表面，讀取的實際是樣品外部溫度，會造成讀取生物樣品溫度的誤差；要么就采取熱電偶侵入一組樣品內部（凍存袋或者凍存管），這樣熱電偶的重金屬會污染被侵入的樣品內部的細胞懸浮液，造成被測溫的一組樣品報廢，從而形成浪費。
2. 由于液氮程序降溫儀使用液氮噴灑達到降溫效果、同時使用設備內的電鎢絲加熱升溫的工作方式以達到精準控制樣品溫度。由于液氮程序降溫儀是使用反饋控制方式精確控制的液氮噴口的電磁閥會頻繁的進行開、斷操作，這樣會極大降低電磁閥的壽命。此外。因此會使諸如電磁閥、電鎢絲、液氮噴口和設備的密封材料等原件經歷的溫差變化，導致它們非常容易損壞。
3. 液氮程序降溫儀采用淋灑的方式進行降溫的過程中由于腔體設計原因，液氮噴嘴、加熱盤管、熱電偶位置相差較大，存在溫度調節的滯后性和腔體溫度的不均一，生物樣品的溫度調節
4. 設備的造價昂貴：一套設備價格在２０萬以上，日常降溫過程中需要耗費大量的液氮（根據河北省干細胞庫提供的數據，按照僅僅１臺設備，按照每天降溫３次計算，每年需要消耗5萬多元的液氮），此外還存在設備的保養費昂貴（１５００元／年）、后續維修費也很貴（僅更換液氮噴頭就需要2萬元／只）。這些不利的因素導致了液氮程序降溫儀使用成本過高。
5. 在液氮程序降溫儀工作期間，需要工作人員全程職守在液氮程序降溫儀。邊上，防止出現液氮噴口堵塞或者液氮耗盡等情況發生。整個降溫過程操作人員不能離開儀器，耗時耗力。