無塵車間的通風可用兩種不同的方法：傳統氣流系統與單向氣流系統。在一般所使用的傳統氣流系統中，送風是由室內不同位置的一個或多個過濾器完成的，單向流系統是通過布滿整個吊頂或整面墻的過濾器送風。
無塵車間過濾器在安裝更換周期前，無塵車間時應根據建筑面積、空氣潔凈度等級、凈化空調系統安全相關設施的規模及要求，配備一定數量的維護管理人員和測試設備、儀器等，對潔凈廠房實行科學管理，達到設計文件對空氣潔凈度等環境參數的要求，提高產品合格率并保證安全生產。
無塵車間不允許用手撕毀或打開包裝袋或包裝膜;應嚴格按照過濾器包裝箱上標注的方向標準存放空氣過濾器;在過濾器的搬運過程中，應輕拿、輕放，避免劇烈的振動和碰撞。
無塵車間對于過濾器更換安裝，安裝方向必須正確：用波紋板組合過濾器在豎向安裝時，波紋板必須垂直于地面;過濾器在豎向與框架之間的連接，嚴禁滲漏、變形、破損和漏膠等，安裝后必須保證內壁清潔，無浮塵、油污、銹蝕及雜物等。
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